Il Segretario Generale sovraintende all'attività dell'amministrazione camerale coordinando l'attività dei dirigenti.
E' nominato dal Ministero delle Attività Produttive su designazione della Giunta, tra gli iscritti in un apposito elenco.
Segretario Generale della Camera di Commercio di Varese in carica è Mauro Temperelli.
Non vengono pubblicati i dati relativi ai redditi e al patrimonio personale in quanto tale obbligo si applica ai soli dirigenti apicali di cui all'art. 19 del D.Lgs 165/2001 (come specificato da Corte Costituzionale n. 20/2019).